Director
Directori adjuncți
Direcția resurse umane
Direcția juridică
Direcția economico-financiară
Secția evidență contabilă
Secția planificare și buget
Direcția securitate internă
Secția securitate internă, monitorizare și acces
Laboratorul de cercetări în domeniul protecției documentelor
Secția managementul calității și suport managerial
Secția managementul documentelor și secretariat
Secția audit intern și control
Departamentul managementul serviciilor publice
Direcția gestionarea datelor în domeniul fiscal
Secția procesarea datelor, analiză și rapoarte
Secția gestionarea arhivei în domeniul fiscal
Direcția asistență clienți
Direcție evidență și măsurare în domeniul vamal
Direcția brokeraj vamal
Direcția exploatare a echipamentului X-ray
Tipografia (cu statut de secție)
Direcția generală administrarea și prestarea serviciilor publice
Direcția prestări serviciilor în teritoriu
Direcția servicii contabile pentru instituții bugetare
Centrul de instruire în finanțe (cu statut de direcție)
Secția marketing, vânzări și promovare
Direcție generală antrepozite vamale publice
Secția AVP Petricani
Secția AVP Bălți
Secția AVP Leușeni
Secția AVP Tudora
Secția ZCV Otaci
Direcția patrimoniu, logistică și achiziții
Secția achiziții publice
Secția de deservire a gospodăriei
Secția transport
Serviciul dezvoltarea infrastructurii
Departamentul tehnologiilor informaționale
Direcția generală tehnologii informaționale în finanțe publice
Direcția resurse și sisteme informaționale în finanțe publice
Secția elaborare a sistemelor informaționale în finanțe publice
Secția elaborare a sistemelor informaționale contabile
Direcția administrarea serverelor și rețelelor de telecomunicații în finanțe publice
Direcția generală tehnologii informaționale în domeniul vamal
Direcția resurse și sisteme informaționale în domeniul vamal
Secția elaborare a sistemelor informaționale în domeniul vamal
Secția gestionare a sistemelor de monitorizare video în domeniul vamal
Secția administrare a sistemelor informaționale în domeniul vamal
Direcția sisteme de rețea și telecomunicații în domeniul vamal
Direcția generală tehnologii informaționale în domeniul fiscal
Direcția resurse și sisteme informaționale în domeniul fiscal
Secția elaborare a sistemelor informaționale în domeniul fiscal
Secția de dezvoltare a bazelor de date în domeniul fiscal
Direcția asigurare tehnică și aplicativă în domeniul fiscal
Secția sisteme de rețea și telecomunicații în domeniul fiscal
Secția administrare de sistem în domeniul fiscal
Direcția suport sisteme informaționale
Secția suport sisteme informaționale în domeniul vamal
Secția suport sisteme informaționale în domeniul fiscal
Secția suport sisteme informaționale în domeniul finanțelor publice
Secția suport sisteme informaționale de evidența cantabilă
Direcția proiectare a sistemelor informaționale și serviciilor
Centrul de certificare și semnături digitale (cu statut de direcție)
Secția testare a sistemelor informaționale
Secția reparație a mijloacelor tehnice
Secția securitate informațională.
