CTIF a fost creat în temeiul Hotărârii Guvernului nr. 125 din 06.02.2018, în urma reorganizării întreprinderilor de stat (ÎS) „Fintehinform”, „Fiscservinform” și „Vamservinform”. Reorganizarea s-a produs prin transformarea ÎS „Fintehinform” în noua instituție CTIF și prin fuziunea ÎS „Fiscservinform” și ÎS „Vamservinform” cu CTIF. Procesul de reorganizare a fost încheiat la 1 august 2018, la această dată fiind operate modificările necesare în documentele cadastrale și cele de constituire ale CTIF.
Noua instituție a fost creată în contextul reformei administrației publice realizată de Guvern și a preluat drepturile, obligațiile, funcțiile și serviciile prestate de întreprinderile de stat „Fintehinform”, „Fiscservinform” și „Vamservinform”.
ÎS „Fintehinform” a activat în perioada iunie 2005 – iulie 2018, având drept obiectiv principal administrarea și dezvoltarea sistemelor informaționale de gestionare a finanțelor publice. ÎS „Fiscservinform”, care a activat în intervalul septembrie 2008 – iulie 2018, a avut misiunea de a dezvolta sistemul informațional integrat fiscal și serviciile fiscale electronice. Obiectivul de bază al ÎS „Vamservinform”, care a activat în perioada martie 2011 – iulie 2018, a fost administrarea și asigurarea funcționării sistemelor informaționale ale Serviciului Vamal și subdiviziunilor acestuia.
La 1 octombrie 2018, Ministerul Finanțelor, prin Ordinul său nr. 165 din 01.10.2018, a instituit oficial, în calitate de sărbătoare profesională, ziua de 1 octombrie a fiecărui an – Ziua fondării Instituției publice „Centrul de Tehnologii Informaționale în Finanțe”. Decizia respectivă a fost luată la solicitarea angajaților CTIF în legătură cu împlinirea la 1 octombrie 2018 a 45 de ani de la constituirea Centrului de calcul al Ministerului Finanțelor, care ulterior și-a schimbat statutul de câteva ori și a fost transformat, în anul 2018, prin Hotărârea Guvernului nr. 125 din 6.02.2018, în CTIF.
